Q.お客側もセラピとは基本的にはツイ垢やお店公式のラインでしか繋がれないのでセラピ側が気に入らないことがあったり、クレームしてもスルー、店舗に伝えても客側が悪かったとして片付けられる現実があることも知ってほしいです。

長くなりすぎてなかなか回答できませんでした。

このご質問の主文は「～現実があることも知ってほしいです」なのでしょうが、枕詞的に「セラピや店舗の損失や精神的なショックはわかりました」とあるので、うがった見方をすれば「ユーザーも理不尽を受けているのだから、あなたたちもおあいこでしょ？」という意味にも読めてしまうのですが、とりあえずその受け止め方をするとダークになってしまうので、少し抑えて…
実損のでる無断キャンセルと、クレームを受け止めてもらえない不条理は少々レイヤーの違う問題なので分けて考えた方がよいです。

とても現実的にお話しするので、途中までで気分を害してしまうかもしれませんが、最後までお読みくださいませ。

ドタキャン問題は実損が出る債務不履行状態になるので、現実的には訴訟などは難しい（コスト・損害額の立証）とはいえ、倫理的な問題となります。それに加えてこの損害を未然に防止する策がシステム上まだ足りないというのは以前お話しした通りです。

そして後半のお話。
セラピとの接点がTwitterやお店LINEしかないことから始まって、お店へのクレームのお話になっているので、恐らく質問者様は気にいらないことがあったりしたときに、セラピストに物申してから、それに抗弁されたり無視された結果を受けて、お店にクレームという順序でことを進めたのではないかと予想します。
その仮定でいえば、お店の対応の是非は一旦置いておいて、順序は正しくないと思います。
クレームを入れるべき事柄は、セラピスト本人をすっ飛ばして店に伝えるべきです。
店にクレームが入れば比較的すぐに本人に事実確認が行われると思うですが、ここでセラピストに先に伝えてしまうことによって、セラピストが自身を正当化するロジックを組み立てたり（あるいはお客様の虚言説を作り出す）、店への弁明を準備する時間を与えることになります。(一般社会でも会社や上司に対し自分へのクレームが届くと予めわかっていたら、少しでも責任を軽くする言い訳を考えてしまうものです）
この時間を与えずに店からの事実確認が入れば、セラピストに身に覚えのあることであれば、事実を認めて反省したり、答えに窮したり、逃亡するか(よほどひどい場合)、の結果が出そうなもので早期に決裁が下ると思います。

また、クレームを入れるべき内容・事象について、不満に感じる主なところは
①アポイントの時間管理や接客態度など客商売の基本
②サービスに満足できず
③本番行為の強要被害 
といったところでしょうか。

これらをお客様が悪かったこととして片づける、というのは事情によってまた様相が異なってきます。
その理由のひとつとして、無店舗型派遣の形態である以上、現場で何が起こっているかわかる人が当事者しかいないことが挙げられます。

①については、直接現場を見ていなくても約束の時間に合流していない、コース時間を全うしていないことは連絡タイミングなどのエビデンスがあるので整然と状況を伝えられそうです。
特に時短については契約不履行になるので、私の前所属店では極端な時短のケースであれば一部返金対応が行われるレギュレーションがありました。
接客態度だけはお店が直接見ていないので、即何かジャッジされるものではないかもしれませんが。

②についてはものすごくその場での扱いが難しいところです。
「事実」と「感想」の線引きが難しいこともあります。
たとえば手マンが強すぎて出血してしまった、という内容であればお店もセラピストも真摯に受け止めるべきですが、「性感がうまくなかった」だと少々困ると思います。
また、「イチャイチャが足りない」とか「私を褒めてくれない」だと更にジャッジが難しいです。
いずれも「感想」の度合いが強いからです。

③についても、音声や映像の記録がないとたとえ事実であってもなかなか即ジャッジはしにくいところです。いかんせん、見ていませんから。
とはいえ、同様のクレームが複数件届くと、お客様の主張の信憑性が高まりお店も動きやすくなります。

運営から現場が見えていない都合上、どうしてもクレームへの即対応が難しく（キャストが事実を即認めれば話は別ですが）、どちらかあるいは両方が嘘をついている可能性も織り込んでクレームを受け止めねばならないのが常です。
前述の通り、同様のクレームがくることも視野に入れて、クレーム後はしばし静観するというのもよいと思います。
感情的に詰めるのも避けた方がいいです。
感情的になると論理破綻しやすく論理も形勢も崩されてしまいます。

クレームは「相手」「内容」「要求」について冷静に伝えないと、一気に悪者にされてしまう側面があります。
お店に言ってもスルーされるというのは理不尽だし胸糞悪いですが、掘り下げてみるとその点うまくいってないのかもしれないなと想像しました。
（もちろん本当に真摯に受け止める気のない場合もあるかもしれません。その場合は唾はいて利用をやめて次にいきましょう）

ちなみに私がデリ利用時にどうしても我慢ならなかったときは、店長、ＭＧＲ、あるいは本部宛に
「女性本人にはとりあえず言わなくていいんですけど、今回～～～っていうことがあって。いや、わかる。わかるのよ。そうしたくなる気持ちは。でもこれって楽しんでサービス受けられないし、こういうのが続くと掲示板とかで広まって悪影響だし、それとなく全体に注意喚起してもらいたいです。今後も都合よく使っていきたいから、店の人気落ちてもイヤなんすよ」って言います。
すると、自分の発している言葉にも余裕があるので、結構真摯に受け止めてもらえます。
「おかげさまで、それとなくキャスト一同に指導できました。今回はありがとうございます。次回ちょっと割引しますね」
とより濃密な信頼関係を運営と築くことができます。信頼関係が少しでも出来てくると言葉は更に届くようになります。…という余談でした。