Q.初めはゴムを必ず付けていたのに、途中から付けなくなりました。きっと言えば付けてくれると思うんですが雰囲気が壊れないような言い方を教えて欲しいです。

「関係」というワードを使ってくださっているので、おそらくセ〇レさんもしくは愛人関係の方との間のお悩みという前提で考えさせていただきますね。（セラピさんとの間のことだったら、立場上何も申し上げられないので）

全文を読んで最初に抱いた感想は
「質問者様の身体よりも"守る価値のある雰囲気"って存在するのでしょうか？」です。

私のオピニオンは上記の通りなのですが、その上で可能なかぎり雰囲気をキープするならば
「ねえ…つけて？」です。これで十分なはずです。

相手がもし質問者様の身体をを軽んじているならば
「今もってないからこのまま…」みたいなことを言ってくるかもしれません。
その時はさすがに雰囲気だのなんだの言っていられませんので、こう言いましょう。

「たとえば後日生理がこなくなって、妊娠が発覚した場合父親はあなたしか考えられないし、DNA鑑定や堕胎費用のことで揉めたくないので、私はゴムをつけてしたい。」

これでちゃんと省みることができる男性なら関係を継続するだけの価値がありますが、そうでなければ（この迫力に負けて引いてしまうことも含む）どんなに上手いとしても全力で切りましょう。